...
За автоматическую установку личных сертификатов «КриптоПро CSP» с Рутокена отвечает несколько параметров:
...
2) Если программы уже были установлены ранее в другом порядке или настройки криптопровайдера по умолчанию не применились, установите криптопровайдер «Crypto-Pro GOST R 34-10-2012 Cryptographic Service Provider» в «Панели управления Рутокен»
3) Если в "Панели управления Рутокен" нет возможности сменить криптопровайдер по умолчанию, произведите соответствующие настройки непосредственно в «КриптоПро CSP».